O mandato de Rocha Vieira como Ministro da República nos Açores ficou marcado por vários momentos de tensão com o presidente do Governo Regional na altura.

Rocha Vieira foi nomeado contra a vontade de Mota Amaral que defendia um civil e açoriano para ocupar o cargo.

Rocha Vieira começou por aconselhar o Presidente da República, Mário Soares, a vetar a revisão do estatuto dos Açores aprovado, por unanimidade, na Assembleia da República.

Mais tarde, a recusa dos militares em hastear a bandeira dos Açores ao lado da bandeira nacional fez despoletar a chamada guerra das bandeiras.

Mota Amaral e o seu Governo receberam Mário Soares de óculos escuros e gravatas pretas no Parlamento regional. O clima desanuviou na presidência aberta de 1989, em que Rocha Vieira foi presença constante.

Já hoje o presidente do Governo Regional, José Manuel Bolieiro, manifestou o seu pesar pela morte de Rocha Vieira, considerando e passo a citar “que ele se destacou pela forma íntegra e responsável com que exerceu o cargo, contribuindo para o fortalecimento das relações entre a Região e o Estado, sempre com respeito pela autonomia regional e pelas especificidades dos Açores”.

Também o presidente do Parlamento regional, Luís Garcia, se mostrou consternado com a norte do antigo Ministro da República considerando que o período em que esteve ao serviço dos Açores é recordado como um tempo de dedicação ao diálogo e à construção de pontes entre os órgãos de soberania nacional e os órgãos de Governo próprio da Região.