O monarca foi afastado da governação do reino devido à incapacidade que lhe foi atribuída pela fação da aristocracia apoiante do seu irmão, o príncipe regente D. Pedro, e pela impossibilidade em gerar descendência.
D. Afonso VI chegou a Angra do Heroísmo a 17 de junho de 1669 e permaneceu exilado no Castelo de São João Baptista até 1679.
O monarca foi afastado da governação do reino devido à incapacidade que lhe foi atribuída pela fação da aristocracia apoiante do seu irmão, o príncipe regente D. Pedro, e pela impossibilidade em gerar descendência.